A Anep (Associação Nacional de Escolas Presbiterianas), criada em março de 2000 para dar suporte à Fenep (Federação Nacional de Escolas Presbiterianas-e que atualmente compõe a CONAPE: Comissão Nacional Presbiteriana de Educação), promove a educação secular, cristã e teológica da denominação. Está focada na melhoria da qualidade de ensino das instituições educacionais presbiterianas por meio da produção e distribuição de material administrativo, didático e científico, e no desenvolvimento de métodos, processos e tecnologias educacionais. Para atingir tal finalidade a Anep promove o treinamento de novas alternativas de capacitação e de qualificação de recursos humanos das instituições de ensino e de pesquisa.